El origen de la Alcazaba se encuentra en la fortificación que levantó Ibn Marwan en el Cerro de la Muela al asentarse en Badajoz, en el siglo IX. Se trataba de una cerca de argamasa de barro y ladrillo.
Esta obra fue consolidada en 1030 por Abdallah Ibn el-Aftas (Almanzor I de Badajoz) que la convirtió en una muralla de piedra y cal.
Posteriormente, sobre el 1170, fue definitivamente reparada, fortalecida y ampliada por orden del califa almohade Abu Yaqub Yusuf. En esta obra la Alcazaba adaptaría prácticamente el aspecto que presenta actualmente.