Los baños son una zona subterránea, una cripta abovedada que incluye un aljibe y que se encuentra debajo del patio del Crucero.
Se crearon en época almohade (siglos XII y XIII) como un área excavada en la tierra en la que se estableció un recinto ajardinado con el estanque, el cual reunía condiciones de temperatura y humedad idóneas para mitigar los rigores de la estación veraniega.
Reciben los baños su nombre por la noble dama del siglo XIV María de Padilla de quien según la leyenda se dice que en ellos se bañaba, la cual fue amante de Pedro I el Cruel entre 1352 y 1361.