Edificio renacentista pero el interior es gótico. Se dice que para su construcción se emplearon las piedras de 7 iglesias románicas. También se encuentra una capilla dedica a Fray Tomás de Berlanga, obispo de Panamá y descubridor de las islas Galápagos. Benefacores de la colegita fueron diversos nobles que se encuentra enterrados en sepulcros de alabastros. El Duque de Frías fue uno de los más destacados.